Awal berdirinya MI Muhammadiyah Pojok dimulai tahun 1957. Awalnya madrasah ini masih berupa sekolah diniyyah yang menempati rumah Mbah Iman Suharjo. Kemudian sekolah diniyyah ini pindah ke tempat Mbah Gito manggiyo, lalu ke tempat Mbah Harjo Suwarno.
Setelah berpindah-pindah di tiga tempat, pada tahun 1986 sekolah diniyyah menempati tanah kas desa Gendengan RT 2 RW 4 kelurahan Pojok, dan berubah menjadi MI Muhammadiyah Pojok.
Awalnya MI Muhammadiyah Pojok hanya memiliki 5 ruang. Kemudian pada tahun 90an ada penambahan 2 ruang di sebelah barat. Pada tahun 2010 baru ada rehapan tahap 1 dan tahun 2012 ada rehapan tahap 2. Seiring bertambahnya peminat di MI Muhammadiyah Pojok, maka areanya perlu diperluas.
Alhamdulillah bisa membeli tanah sebelah utara membeli tanah (setengah bagian adalah tanah wakaf dari Bu Saraswati Purnomo yang bertempat tinggal di Surakarta.Setengah bagiannya lagi adalah pembelian lahan dari Hanto Mulyono dibeli oleh MI Muhammadiyah Pojok).
Pada tahun 2016 ada pembangunan 3 ruang kelas dan masjid ditanah itu. Kemudian tahun 2018 ada wakaf lagi dari Bu Saraswati Purnomo yaitu tanah sebelah timur masjid, yang kemudian tahun 2019 dibangun gedung 2 lantai ditanah wakaf tersebut.